Das wissenschaftliche Profil der Medizinischen Fakultät basiert auf der Weiterentwicklung bestehender Forschungsschwerpunkte und der konsequenten Förderung neuer Forschungsinitiativen. Dazu beteiligen sich die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der Fakultät an Forschungsprogrammen des Landes, des Bundes und der EU. Ein wichtiges profilbildendes Element war und ist die enge Verzahnung von Grundlagenforschung und angewandter Forschung durch disziplin-, fakultäts-, sektor- und standortübergreifende Zusammenarbeit in Forschungsprojekten.

Die molekulare und klinische Hepatologie sowie die Herz-Kreislaufforschung bilden die durch Sonderforschungsbereiche der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) ausgezeichneten Forschungsschwerpunkte der Medizinischen Fakultät. Ihr Forschungsprofil wird darüber hinaus ergänzt von den Förder- und Entwicklungsbereichen, die in einem strategischen Fakultätsentwicklungsplan definiert wurden. 
Graduiertenkollegs an der Fakultät (Herz-Kreislauf-Forschung, Hepatologie), Forschungsschulen (Onkologie, Neurowissenschaften,Infektiologie) und Graduiertenkollegs, an denen Einrichtungen der Medizinischen Fakultät beteiligt sind, bilden ausgezeichnete Plattformen für die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses.