Günter Niegisch studierte von 1999 bis 2006 Humanmedizin an der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz. Im Jahr 2006 erhielt er die Approbation als Arzt und wurde, ebenfalls an der Medizinischen Fakultät in Mainz, promoviert. 2016 erhielt er die Facharztanerkennung für Urologie, seit September 2012 die Zusatzbezeichnung Palliativmedizin. 2013 wurde er Fellow of the European Board of Urology (F.E.B.U.). Eine weitere Zusatzbezeichnung – für Medikamentöse Tumortherapie - erwarb Prof. Niegisch 2014.
Er habilitierte sich 2016 an der Medizinischen Fakultät der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf. Thema seiner Habilschrift ist „Histondeacetylasen als molekulare Ziele für die Therapie von Urothelkarzinomen“. Im Juli 2017 erhielt er die Venia legendi an der Medizinischen Fakultät der HHU und im selben Jahr auch den Forschungspreis der Dr.-Günther- & Imme-Wille-Stiftung.
Sein beruflicher Werdegang begann 2006 als Arzt in Weiterbildung an der Urologischen Klinik des Ev.-Jung-Stilling-Krankenhauses, Siegen. 2008 (bis 2012) war Günter Niegisch Wissenschaftlicher Mitarbeiter der Urologischen Klinik des Universitätsklinikums Düsseldorf (Direktor: Prof. Dr. Peter Albers). Seit Januar 2012 ist er Facharzt für Urologie in gleicher Anstellung. Von Januar 2014 bis Dezember 2015 hatte er eine Clinical Fellowship im Bereich Konservative Uro-Onkologie der Urologischen Klinik des Universitätsklinikums Düsseldorf inne. Im Jahr 2016 wurde er Oberarzt in der Urologischen Klinik und Leiter des Bereichs Endo-Urologie und sowie Lehrbeauftragter. Seit August 2018 ist Prof. Dr. Günter Niegisch Leitender Oberarzt der Urologischen Klinik und seit April 2019 dort kommissarischer Leiter der Sektion „konservative urologische Onkologie“.